Bibliotecas do C/C++ para Linux e Windows

• stdio.h = entrada e saída padrão
• string.h = Manipulação de cadeias de caracteres
• ctype.h = Funções para realização de testes com caracteres ( caixa alta/baixa)
• math.h = Funções matemáticas
• stdlib.h = Conversão de tipos, alocação de memória, execução de comandos do S.O., criação de número randômico
• iostream.h = Funções de entrada e saída no C++
• time. h = Funções para manipulação de data e hora. Para manipulação de diferença de horário entre S.O. e horário do processador.
• stdarg.h = Para escrever funções que aceitam uma quantidade variável de parâmetros
• cxtypes.h = OpenCv library - relacionado a processamento

• stdafx.h = Biblioteca adicionada pelo Visual Studio
• windows.h Funções relacionadas a API win32.

Adicionando arquivos fonte e .h em projeto C++ no eclipse

• Clique com o botão direito do mouse sobre a pasta src do Projeto;
• New Header File , salve com nomearquivo.h;

• Clique com o botão direito do mouse sobre a pasta src do Projeto;
• New Source File , salve com nomearquivo.cpp;

• Vá ao main.cpp
• Adicione junto às bibliotecas 
• #include "nomearquivo.h"

Pronto! É só adicionar código.